Rannsóknadeild Selaseturs Íslands tók formlega til starfa árið 2009. Við deildina starfa fimm sérfræðingar í fullu starfi auk aðstoðarfólks og rannsóknarnema sem eru verkefnaráðnir, einkum yfir sumartímann. Deildin starfar á þremur sviðum; líffræðirannsóknasviði, ferðamálarannsóknasviði og náttúruvísindasviði.
Selarannsóknadeild
Deildinni stýrir Sandra Magdalena Granquist, PhD; sem er dýraatferlisfræðingur og sameiginlegur starfsmaður Selaseturs og Hafrannsóknastofnunnar
Ferðamálarannsóknadeild
Deildinni stýrir Jessica Aquino, PhD; sem er sérfræðingur í náttúrutengdri ferðaþjónustu. Jessica er sameiginlegur starfsmaður Háskólans á Hólum og Selaseturs.
Náttúruvísindadeild
Selsetrið er í samstarfi við Náttúrustofu Norðurlands vestra og í deildinni starfa þau Einar O Þorleifsson og Cécile Chautvat.