Selasetrið er í margvíslegu samstarfi við vísindastofnanir , háskóla , fyrirtæki og einstaklinga, bæði innanlands og erlendis. Aðalsamstarfsaðilar í dag eru Hafrannsóknastofnun, Háskólinn að Hólum, BioPol og Hafrannsóknastofnun. Eining er Selasetrið í samstarfi við erlendar stofnanir og háskóla eins og Stokkhólmsháskóla.
